Dazu ersatz man die Zeile mit permitted_uri_chars durch das folgende Snippet:

$config['permitted_uri_chars'] = 'a-z 0-9~%.:_+\-äöüß-';

Das erlaubt dann URLs auch in einem Format wie controller/methode/ö+ä/. Die Verwendung von Umlauten ist allerdings nicht unbedingt zu empfehlen. Manche Foren und Blogs enkodieren die Umlaute anders, genauso wie manche Browser. Man sollte bei der Verwendung also zumindest darauf achten auch die URLs, die mit UTF-8 enkodiert wurden (z.B. %C3%B6 für ö), entsprechend umzuleiten.

Ganz zufrieden bin ich mit dieser Lösung noch nicht, wer also bessere Ideen für eine Lösung des CodeIgniter-Umlaut-URL-Problem hat, darf diese natürlich gerne hier posten!